El peligro merodeó bajo las aguas frías y grises del Mar del Norte y también bajo las brillantes olas azules del Atlántico tropical durante la Segunda Guerra Mundial, cuando el Tercer Reich de Hitler intentaba estrangular las líneas de suministro de los Aliados con ataques de U-Boot (abreviatura del alemán Unterseeboot - plural U-Boote). Submarinos alemanes y británicos peinaban el vasto campo de batalla oceánico en busca de presas, mientras los científicos desarrollaban nuevas tecnologías y contramedidas. La guerra submarina comenzó tentativamente durante la Guerra Civil estadounidense (aunque los Países Bajos e Inglaterra habían hecho pequeños prototipos siglos atrás, y el sargento estadounidense Ezra Lee pilotó en vano el monoplaza Turtle contra el HMS Eagle cerca de Nueva York en 1776). La invención del torpedo por parte del británico Robert Whitehead introdujo el arma que sería luego usada con más frecuencia por los submarinos. Mejoramientos continuos al diseño de Whitehead conllevaron a los torpedos militares que fueron desplegados contra las rutas marítimas de envío durante ambas Guerras Mundiales.
Los submarinos tuvieron un impacto decisivo en el resultado de la Batalla del Pacífico en la Segunda Guerra Mundial. La flota submarina de los Estados Unidos, bajo el mando general, si bien no exclusivamente, del Vicealmirante Charles Lockwood, estranguló las líneas de suministro y tráfico naval del Imperio del Japón. Sus "asaltos al comercio" lisiaron la capacidad japonesa, tanto de mantener abastecidas sus unidades en el frente, como de fabricar las armas, embarcaciones y vehículos que necesitaba para continuar con éxito la lucha.
Tanto los Estados Unidos como Japón produjeron excelentes submarinos de alta tecnología en el contexto de la era de la II Guerra Mundial. Los submarinos Clase I de la Armada Imperial Japonesa (AIJ) demostraron excelente estabilidad en aguas difíciles y ofrecían la versatilidad que les daba su gran tamaño, incluyendo la capacidad de servir como naves nodrizas para mini submarinos, como portaaviones para aviones exploradores, o incluso como bombarderos especializados. Los torpedos Tipo 93 Long Lance y Tipo 95 que llevaban eran lo suficientemente poderosos para hundir buques capitales como acorazados y portaviones, desde varias millas de distancia.
Los submarinos de la Marina de los Estados Unidos (US Navy - USN), si bien más pequeños, podían sumergirse profundamente, moverse rápidamente y proporcionar tanto potencia de fuego como probabilidades de supervivencia. Aunque sus torpedos Tipo XIV y Tipo XVIII no igualaban al Tipo 93 japonés, igualmente tenían potencia letal, particularmente tras ser mejorados a finales de 1943. El USS Archerfish también demostró a los buques capitales japoneses la letalidad de los submarinos estadounidenses.
Los submarinistas de ambas flotas demostraron inmenso valor, osadía y habilidad en el ejercicio de su deber. Ambos grupos de hombres exhibieron agresión, patriotismo y espíritu de lucha en igual medida, independientemente del lente cultural a través del cual se manifestaron estos rasgos. Ambas marinas produjeron con éxito oficiales submarinistas profesionales y altamente capacitados.
Los japoneses, sin embargo, decidieron utilizar sus submarinos principalmente como apoyo para grandes acciones de flota a distancias visuales, lo cual nunca ocurrió. En lugar de eso, los submarinos llevaron a cabo ataques esporádicos y descoordinados, y el resto del tiempo, permanecieron en guardias de vigilancia o vieron su tiempo desperdiciado en transporte de suministros y evacuaciones subacuáticas.