Debido a la distancia y a la lentitud de las comunicaciones, los capitanes y comodores a veces iniciaban acciones que podían ser desaprobadas en casa. Comodoro era el rango más alto de la Armada hasta la Guerra de Secesión, y quienes ostentaban este cargo solían comandar más de un buque de guerra. Había cónsules americanos en muchas ciudades portuarias, y podían solicitar la ayuda de la Armada para defender propiedades americanas, investigar la pérdida de barcos americanos, rescatar a marineros náufragos y tomar represalias por ataques a americanos. La Armada cooperó a veces con los británicos, sobre todo en aguas chinas, y más de una vez se unió a otras naciones europeas para ayudar a los misioneros cristianos.

Un buque de guerra estadounidense participó en una expedición punitiva en el Pacífico ya en 1813-14 en Nuku Hiva, en las Marquesas. Las fuerzas navales de desembarco estadounidenses libraron batallas en Quallah Batoo en 1831 y en Muckee en 1839, ambas en Sumatra. La Marina participó en una batalla en las islas Gilbert en 1841. La Armada cooperó en ocasiones con la Royal Navy en acciones contra piratas frente a las costas chinas y participó en combates en China en las décadas de 1850 y 1860. Hubo incidentes en los que participaron buques de guerra estadounidenses no sólo en China, sino también en Vietnam y Japón. Los estadounidenses participaron en la violencia en Japón cuando cayó el Shogunato y comenzó la restauración Meiji.

La mayoría de los buques de guerra estadounidenses tenían un contingente de marines a bordo. Constituían una fuerza policial a bordo, pero lo más importante era que proporcionaban una fuerza armada que podía enviarse a tierra para ayudar a los cónsules estadounidenses en situaciones difíciles o para lanzar incursiones punitivas. Los buques de guerra no sólo llevaban sus grandes cañones para las batallas navales, sino también equipo de combate ligero para los marines. Una parte considerable de la tripulación de un buque de guerra podía ser enviada a tierra con los Marines para ampliar el grupo de desembarco. Los Marines fueron enviados a tierra al menos 36 veces en Asia en las décadas comprendidas entre 1841 y 1881 (Boot 57).

En la segunda mitad del siglo XIX, Asia oriental y sudoriental vivían una época de agitación. China perdió la Primera Guerra del Opio contra Gran Bretaña y se vio obligada a abrir el comercio del opio cultivado en la India británica, lo que provocó millones de adictos. China sufría varias rebeliones masivas, una de las cuales, la Rebelión Taiping (1850-69), causó muchas más muertes que la Primera Guerra Mundial. Los franceses empezaban a colonizar lo que hoy es Vietnam. Japón vivía una guerra civil tras el derrocamiento del shogunato Tokugawa.

Los rusos, británicos, franceses, estadounidenses y japoneses exigían a Corea que se abriera al comercio. El gobernante de Corea era Yi Ha-eung, más conocido como el Daewongun (también escrito Taewongun), regente de un rey niño, su propio hijo. El Daewongun era fuertemente xenófobo y actuó para mantener el tradicional aislamiento de Corea del mundo exterior (Boot 58).

En 1868, el Escuadrón de las Indias Orientales de Estados Unidos pasó a llamarse Escuadrón Asiático. Tenía su base principalmente en Hong Kong, pero también se le permitió desarrollar instalaciones en Chefoo (China) y en Hiroshima y Yokohama (Japón).

Resultó que la mayor acción militar de la Flota Asiática de Estados Unidos antes de la Guerra Hispano-Norteamericana fue una guerra con Corea en 1871, en su mayor parte olvidada, conocida ahora como la Expedición a Corea.