Tras su infancia, y teniendo terminados sus estudios en una escuela de provincia y la facultad de Ruan, Charles Bovary, recién trasladado a Tostes para ejercer como médico, se casa con una viuda por expresa petición de su madre, aunque la relación no será duradera debido a que esta primera esposa de Charles fallecerá poco después del enlace. Debido a su trabajo, Charles debe visitar en una granja al señor Rouault y allí se encuentra con una bella joven, la hija del señor Rouault, Emma. Charles se enamora de ella y le pide al señor Rouault la mano de su hija en matrimonio. Ella consiente y se convierte en la señora Bovary. Madame Bovary, asidua a la lectura de novelas románticas, tiene unas ideas sobre el matrimonio que no llegarán a corresponderse con su relación con Charles. Después de una visita a la casa del marqués de Vaubyessard, Emma vuelve a fantasear con una vida idílica, privilegiada. Pero la vuelta a la realidad, a una vida aburrida junto a su marido, hace que Madame Bovary caiga enferma. Para su recuperación, Charles decide cambiar de aires, y trasladarse a un pueblo cerca de Ruan, Yonville. Donde su vida seguirá siendo igual de monótona. Cuando se trasladan a Yonville, Emma está embarazada, dará a luz a una niña a la que llamarán Berthe pero Madame Bovary no ejercerá de madre prácticamente en ningún momento. En Yonville, la familia Bovary conocerá a sus nuevos vecinos. El señor Homais, el farmacéutico, junto con su familia; El señor Lherheux, un comerciante un tanto manipulador; La señora Lefrançois, dueña del Lion D'Or, y otros como los señores Tuvache, Guillaumin... Entre todos estos vecinos, se encuentra León Dipuis, que simpatizará con Emma. Su pasión por el mismo tipo de literatura les llevará a un amor imposible. Ante esta situación León decide marcharse a Ruan y seguir con sus estudios. El aburrimiento de Emma provocado por la falta de objetivos personales y de intereses en cosas concretas en su vida, así como el deslumbramiento por el lujo y el poder económico, le llevará a empezar a coquetear con Rodolphe Boulanger, un don Juan de provincias de Yonville. Madame Bovary y Rodolphe se convierten en amantes. Emma se escapa por las noches para ver a Rodolphe, y llega a ser tan grande el amor que siente por él, que le propone una fuga de Yonville, los dos juntos. Rodolphe acepta, pero en el momento de la fuga, se va sin Emma. Le escribe una carta, que hace enfermar nuevamente a la señora Bovary. Antes de la enfermedad, Madame Bovary contrae numerosas deudas con el señor Lhereux, que aumenta Charles, tras la recaída de Emma. Tras la lenta recuperación de Madame Bovary, Charles decide llevarla a Rouen a la ópera. Allí se encuentra a León Dipuis. León se convierte en el nuevo amante de Emma, que finge ir a clases de piano para encontrarse clandestinamente con el pasante. Ella sigue contrayendo deudas y firmando pagarés con el señor Lhereux, dejando a su familia con una enorme cantidad de problemas monetarios. Ante esta situación de gran problema económico y el abandono de sus amantes, Emma se encuentra desesperada, y decide acabar con su vida. Acude a la botica de Homais, e ingiere una cantidad de arsénico en polvo. Poco tiempo después fallece en su cama. Después de su muerte, la situación de Charles también es crítica. Embargan su casa y todos sus bienes ya que no puede hacerse cargo de toda la deuda contraída por su mujer. Encuentra también la carta que Rodolphe le escribe a Emma para despedirse, descubriendo así que su mujer le era infiel. Aunque todo esto no es motivo suficiente para que Charles deje de amar a su fallecida mujer. El señor Bovary, finalmente acabará muriendo también, dejando a la pequeña Berthe huérfana. Como la madre de Charles también muere y el padre de Emma queda paralítico, acaba siendo enviada a vivir con otra tía suya.