Historia natural y moral de las Indias, cuya primera edición apareció en Sevilla en 1590, es un tratado, de José de Acosta, que contiene siete libros, los cuatro primeros dedicados a la historia natural y los tres últimos a la historia moral, es decir, a las costumbres y hechos de los indios.
Para su Historia natural y moral de las Indias. Acosta utilizó las observaciones que había ido reuniendo durante más de dos décadas en América, así como materiales procedentes de escritos de otros autores. En el prefacio dedicado al lector, Acosta nos habla sobre la finalidad de su obra:
Del nuevo mundo e Indias Occidentales han escrito muchos autores diversos libros y relaciones, en que dan noticia de las cosas nuevas y extrañas, que en aquellas partes se han descubierto, y de los hechos y sucesos de los españoles que las han conquistado y poblado. Mas hasta ahora no he visto autor que trate de declarar las causas y razón de tales novedades y extrañezas de naturaleza, ni que haga discurso o inquisición en esta parte; ni tampoco he topado libro cuyo argumento sea los hechos e historia de los mismos indios antiguos y naturales habitadores del nuevo orbe.
A la verdad ambas cosas tienen dificultad no pequeña. La primera, por ser cosas de naturaleza, que salen de la Filosofía antiguamente recibida y platicada; como es ser la región que llaman tórrida muy húmeda, y en partes muy templada; llover en ella cuando el Sol anda más cerca, y otras cosas semejantes. Y los que han escrito de Indias Occidentales no han hecho profesión de tanta Filosofía, ni aun los más de ellos han hecho advertencia en tales cosas. La segunda, de tratar los hechos e historia propia de los indios, requería mucho trato y muy intrínseco con los mismos indios, del cual carecieron los más que han escrito de Indias; o por no saber su lengua, o por no cuidar de saber sus antigüedades; así se contentaron con relatar algunas de sus cosas superficiales.
La obra se compone de siete libros, cada uno de ellos con una veintena larga de capítulos, de cincuenta páginas de promedio.
Los dos primeros son libros que hablan del marco geográfico en el que los viajeros españoles habían descubierto,
los dos segundos tratan de historia natural y los tres últimos de los desafíos sociales y culturales indígenas de las dos regiones más importantes del continente: La Nueva España y el Perú.
La excepcional calidad de este escrito explica la gran difusión de la que ha gozado gracias a las numerosas reediciones y traducciones.
Historia natural y moral de las Indias no está exenta de polémica a partir de la acusación de plagio al padre Juan de Tovar, autor de la Relación del origen de los indios que habitan en la Nueva España según sus historias, también conocida en una de sus versiones como Origen de los mexicanos.
Actualmente, gracias a la infatigable labor de muchos investigadores, nadie duda ni cuestiona la autenticidad del volumen del padre Acosta.
